Le fonds de recherche met à disposition les deux procédures suivantes:

Dans les procédures ouvertes, des milieux de la recherche sont invités publiquement à soumettre un projet de recherche dans le cadre des maladies respiratoires, avec une liberté de choix des thèmes et de la méthodologie. La commission de recherche évalue les requêtes et prend finalement - en tenant compte du budget disponible du fonds – les décisions respectives d'attribution. 

Dans les procédures sur des thèmes spécifiques, les milieux de la recherche sont invités publiquement à soumettre des projets de recherche sur l'un des points forts thématiques fixés par la Commission de pilotage. La commission de recherche évalue les requêtes et présente à la commission de contrôle les diverses demandes de subsides pour approbation définitive.